Да, это абсолютно нормально, ведь качественная масло должно нейтрализовать продукты распада в двигателе после сгорания топлива. Ведь
именно продукты распада, а это может быть сера, сажа, смолы, лаки,
различные кислоты в зависимости от типа топлива существенно влияют на
цвет моторного масла в процессе эксплуатации. Беспокоиться нужно тогда когда в течение длительной эксплуатации цвет не меняется. 
Это может быть признаком низкого щелочного числа масла который в народе называют еще моющим числом. В сертификате или в каталоге на масло оно должно быть указано. Желательно чтобы для бензиновых и газовых двигателей оно было от 6,5 до 11 мгКОН / ч и 7-14 для дизельных двигателей. Потемнение масла в разумных пределах бояться не следует. Аналогичная
ситуация требует при мытье загрязненных рук, используя щелочной раствор
(например мыло) мы видим загрязненную воду, но чистые руки. Так же и с маслом в двигателе, она потемнеет, но при этом двигатель останется в чистоте.